الفرق الرئيسي بين contig و scaffold هو أن contig لا يحتوي على فجوات بينما تتكون السقالة من contigs والثغرات.
تسلسل الجينوم للكائنات متعددة الخلايا صعب للغاية مقارنة بتسلسل الكائنات وحيدة الخلية. تسلسل بندقية الجينوم الكامل هو أسلوب سهل وسريع لتسلسل الجينوم للجينومات متعددة الخلايا. إنها طريقة تسلسل العديد من أجزاء الحمض النووي المتداخلة بالتوازي. في هذه الطريقة ، يتم تجميع الأجزاء الصغيرة في أجزاء أكبر ثم في كونتيجس أكبر باستخدام الكمبيوتر. ثم يتم تجميع contigs في سقالات وأخيرا في الكروموسوم. لذلك ، فإن contig هو امتداد مستمر لتسلسل النيوكليوتيدات بينما السقالة هي جزء من الجينوم يتكون من contigs والفجوات.كل من contig و scaffold عبارة عن تسلسلات جينومية أعيد بناؤها.
ما هو كونتيغ؟
كونتيج هو تسلسل جيني. إنه امتداد مستمر من التسلسلات يتكون من قواعد A و C و G و T. يتم تشكيلها عن طريق تجميع عدة أجزاء صغيرة متداخلة من الحمض النووي في تسلسل أطول. بكلمات بسيطة ، كونتيج عبارة عن تجميع لمجموعة من أجزاء التسلسل. يتضمن إنشاء contig تحديد أجزاء التسلسل المتداخلة بناءً على مطابقة السلسلة المحلية وطرق المحاذاة التي تحدد النهايات المتداخلة للتسلسلات.
لا تحتوي Contigs على ثغرات. إنه جزء من سقالة. يتم ربط Contigs معًا عند إنشاء سقالة. يتطلب معلومات إضافية حول الموضع النسبي واتجاه الكونتيجس في الجينوم. الفجوات تفصل contigs في سقالة.في الأساس ، يعد تجميع contig خطوة مهمة في تسلسل بندقية الجينوم بالكامل. يتم تجميع Contigs أخيرًا في تسلسل جينومي كامل. يتطلب تجميع contig عادةً فهم الخوارزميات في مطابقة السلسلة ومحاذاة التسلسل.
ما هي السقالة؟
السقالة عبارة عن تسلسل جيني أعيد بناؤه من استنساخ بندقية الجينوم الكامل المتسلسلة النهائية. من الناحية الهيكلية ، تتكون السقالة من كونتيجس وثغرات. لذلك ، يتم إنشاء السقالات عن طريق ربط contigs معًا وفصلها عن طريق الفجوات. يحتاج إنشاء السقالة إلى معلومات تتعلق بالموضع النسبي واتجاه الكونتيجس في الجينوم. يهدف تجميع بندقية الجينوم الكامل إلى تمثيل كل تسلسل جينومي في سقالة واحدة. لكن هذا ليس ممكنًا تمامًا. وبالتالي ، يمكن تمثيل كروموسوم واحد بعدة سقالات. في بعض الأحيان يمكن أن تتداخل السقالات. علاوة على ذلك ، يمكن تصفية بعض السقالات أثناء التجميع.
الشكل 02: نظرة عامة على مجموعة بندقية الجينوم الكاملة
طول فجوة السقالة لا يظهر طولها الحقيقي. بشكل عام ، يتم تعيين الفجوات بشكل تعسفي لأطوال ثابتة معينة. ومن ثم ، فإن هذه الفجوات والشكوك في أطوالها تخلق مشاكل في فهم العلاقات المكانية الحقيقية للعناصر الوظيفية في الجينوم والمدى الفعلي للمعلومات المفقودة. في بعض الأحيان ، تمثل الفجوات معلومات جينومية مفقودة.
ما هي أوجه التشابه بين كونتيج وسقالة؟
- كونتيج و سقالة عبارة عن تسلسلات جينومية تتكون من متواليات النوكليوتيدات.
- تتكون السقالات من كونتيجس وثغرات.
ما هو الفرق بين كونتيج وسقالة؟
كونتيج هو تسلسل مستمر يتم تجميعه من مجموعة من أجزاء التسلسل.في المقابل ، فإن السقالة هي جزء من التسلسل الجيني المعاد بناؤه عن طريق ربط contigs معًا. إذن ، هذا هو الفرق الرئيسي بين كونتيج وسقالة. علاوة على ذلك ، لا تحتوي contigs على فجوات بينما يتم فصل contigs في سقالة بفجوات.
أدناه جدول معلوماتي لمزيد من الاختلافات بين كونتيج و سقالة.
ملخص - كونتيج مقابل سقالة
كل من contig و scaffold عبارة عن تسلسلات نيوكليوتيد أعيد بناؤها في مشاريع تسلسل الجينوم الكامل. كونتيج هو امتداد مستمر للتسلسل الجيني يحتوي على قواعد A و C و G و T بدون فجوات. السقالة عبارة عن تسلسل جيني يتكون من contigs والفجوات. ومن ثم ، فإن أقصر مكونات التجميع هي contigs بينما السقالات عبارة عن تجميعات من contigs. أخيرًا ، يتم تجميع السقالات في الكروموسومات في تسلسل الجينوم الكامل.وهكذا فإن هذا يلخص الفرق بين كونتيج وسقالة.
