الاختلاف الرئيسي بين BLAST و FastA هو أن BLAST هي أداة محاذاة أساسية متاحة في الموقع الإلكتروني للمركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية بينما FastA هي أداة بحث عن التشابه متاحة في موقع المعهد الأوروبي للمعلومات الحيوية.
BLAST و FastA هما برنامجان يستخدمان على نطاق واسع لمقارنة التسلسلات البيولوجية للحمض النووي والأحماض الأمينية والبروتينات والنيوكليوتيدات لأنواع مختلفة والبحث عن أوجه التشابه بينهما. تمت كتابة هذه الخوارزميات مع مراعاة السرعة. لأنه عندما تمكن العلماء من عزل الحمض النووي في المختبر في منتصف الثمانينيات ، أثار ذلك الحاجة إلى المقارنة والعثور على جينات متطابقة لإجراء مزيد من البحث بسرعة عالية.ومن ثم ، تم تطوير هذين البرنامجين بطريقة تمكن المستخدم من إجراء بحث سريع عن تسلسلات مماثلة مع تسلسل استعلامهم.
BLAST هو اختصار لأداة بحث المحاذاة المحلية الأساسية ويستخدم النهج المحلي في مقارنة التسلسلين. FastA هو برنامج يشير إلى Fast A حيث يشير A إلى All. هنا ، يعمل البرنامج مع الحروف الهجائية مثل Fast A لتسلسل الحمض النووي و Fast P للبروتين. كلا من BLAST و FastA سريعان جدًا في مقارنة أي قاعدة بيانات للجينوم ، وبالتالي ، فهي قابلة للتطبيق من الناحية المالية وكذلك في توفير الوقت.
ما هو الانفجار؟
BLAST هو أحد أكثر برامج المعلوماتية الحيوية استخدامًا والذي تم تطويره في عام 1990. ومنذ ذلك الحين ، أصبح متاحًا للجميع في موقع NCBI. علاوة على ذلك ، يمكن لأي شخص الوصول إلى هذا البرنامج واستخدامه. علاوة على ذلك ، يعد BLAST برنامجًا يحتاج إلى بيانات إدخال أو تسلسلات بتنسيق FastA. ولكنه يعطي بيانات الإخراج بتنسيق نص عادي أو HTML أو تنسيق XML. يعمل BLAST على مبدأ البحث عن أوجه التشابه المترجمة بين تسلسلين وقائمة قصيرة للتسلسلات المتشابهة ، وبعد ذلك ، يبحث عن أوجه التشابه بين الأحياء.
الشكل 01: نتائج بلاست
وبالتالي ، يبحث هذا البرنامج عن عدد كبير من المناطق المحلية المتشابهة ويعطي النتيجة للوصول إلى قيمة عتبة. ومع ذلك ، تختلف هذه العملية عن البرنامج السابق ، الذي يبحث في التسلسل بأكمله أولاً ثم يقوم بإجراء المقارنة ، وبالتالي ، فقد استغرق الكثير من الوقت.
بصرف النظر عن التحقق من التشابه أعلاه ، فإن بلاست لها العديد من الاستخدامات الأخرى مثل رسم خرائط الحمض النووي ، ومقارنة جينين متطابقين في أنواع مختلفة ، وإنشاء شجرة النشوء والتطور ، وما إلى ذلك.
ما هو FastA؟
FastA هو برنامج محاذاة تسلسل البروتين. وصف David J. Lipman و William R. Pearson هذا البرنامج في عام 1985. على الرغم من أن الاستخدام الأولي لهذا البرنامج كان لمقارنة تسلسلات البروتين فقط ، فإن النسخة المعدلة منه كانت قادرة على مقارنة تسلسلات الحمض النووي أيضًا.هنا ، يستخدم هذا البرنامج مبدأ إيجاد التشابه بين تسلسلين إحصائيًا. يتطابق مع تسلسل واحد من الحمض النووي أو البروتين مع تسلسل آخر عن طريق طريقة محاذاة التسلسل المحلي.
الشكل 02: FastA
ومع ذلك ، فإنه يبحث عن المناطق المحلية للتشابه ، ولكن ليس أفضل تطابق بين تسلسلين. نظرًا لأن هذا البرنامج يقارن أوجه التشابه المترجمة في بعض الأحيان ، فإنه يمكن أن يظهر عدم التطابق أيضًا. في تسلسل ، تأخذ FastA جزءًا صغيرًا يُعرف باسم k-tuples ، حيث يمكن أن تكون المجموعات من 1 إلى 6 وتتطابق مع مجموعات k في التسلسل الآخر. في نهاية عملية المطابقة ، عندما تصل إلى قيمة عتبة ، فإنها تنتج النتيجة.
ما هي أوجه التشابه بين BLAST و FastA؟
- BLAST و FastA هي أدوات المعلوماتية الحيوية المستخدمة لمقارنة تسلسل البروتين والحمض النووي لأوجه التشابه.
- أيضًا ، يستخدم كلا البرنامجين استراتيجية تسجيل النقاط لإجراء مقارنات بين التسلسلات.
- علاوة على ذلك ، تنتج كلتا الأداتين نتائج دقيقة للغاية.
ما هو الفرق بين BLAST و FastA؟
BLAST هي أداة للتحقق من التشابه بين التسلسلات البيولوجية. من ناحية أخرى ، FastA هو برنامج آخر يسهل فحص تشابه تسلسل البروتين والحمض النووي. ومع ذلك ، بالمقارنة مع FastA ، يتمتع برنامج BLAST بشعبية كبيرة لأنه ينتج نتائج أكثر دقة وسرعة. ومن ثم ، هذا هو الفرق بين BLAST و FastA. علاوة على ذلك ، على عكس FastA ، فإن برنامج BLAST قابل للتعديل وفقًا لاحتياجات المستخدم. لذلك ، هذا فرق آخر بين BLAST و FastA.
يوفر الرسم البياني أدناه حول الفرق بين BLAST و FastA مزيدًا من التفاصيل.
ملخص - BLAST مقابل FastA
BLAST و FastA برنامجان يتيحان للمستخدم مقارنة تسلسل استعلامه مع التسلسلات الموجودة في قواعد البيانات الموجودة والتحقق من أوجه التشابه. كان الغرض الأولي من FastA هو مقارنة تسلسلات البروتين فقط. لكن النسخة المعدلة من هذا البرنامج تسهل مقارنات تسلسل البروتين والحمض النووي. على الرغم من أن FastA هو برنامج جيد ، إلا أن معظم الأشخاص يستخدمون أداة محاذاة BLAST نظرًا لأنها أكثر شيوعًا وتنتج نتائج أكثر دقة وسرعة من FastA. أيضًا ، أداة BLAST قابلة للتعديل وفقًا لمتطلبات المستخدم. باختصار ، هذا يلخص الفرق بين BLAST و FastA.
