الاختلاف الرئيسي بين FASTA و FASTQ هو أن FASTA هو تنسيق قائم على النص يخزن فقط تسلسلات النيوكليوتيدات أو البروتين ، بينما FASTQ هو تنسيق قائم على النص يخزن كلاً من التسلسل وقيم جودة التسلسل المرتبطة.
المعلوماتية الحيوية هي مجال يستخدم برمجيات مختلفة لتحليل وفهم البيانات البيولوجية ، خاصة عندما تكون مجموعة البيانات معقدة وكبيرة. يجمع هذا المجال بين علم الأحياء والكيمياء والفيزياء وعلوم الكمبيوتر وهندسة المعلومات والرياضيات والإحصاء لتحليل وتفسير البيانات البيولوجية. FASTA و FASTQ هما تنسيقان لتمثيل التسلسل في مجال المعلوماتية الحيوية لمحاذاة التسلسلات وتحليلها.في الواقع ، FASTQ هو تنسيق ملف تسلسلي يوسع تنسيق FASTA مع القدرة على تخزين جودة التسلسل.
ما هو FASTA؟
FASTA هو برنامج محاذاة لتسلسل الحمض النووي والبروتين. يستخدم برنامج FASTA تنسيق FASTA. إنه تنسيق قائم على النص يمثل إما متواليات النوكليوتيدات أو متواليات الأحماض الأمينية (البروتين). هنا ، تمثل رموز الأحرف المفردة كلا هذين التسلسلين. FASTA هي أداة مهمة في مجالات المعلوماتية الحيوية والكيمياء الحيوية. هذا التنسيق يسمح لأسماء التسلسل والتعليقات أن تسبق التسلسلات.
الشكل 01: تسلسل فاستا
نشأ هذا التنسيق من برنامج FASTA وتم تقديمه بواسطة David J. Lipmann و William R. Pearson في عام 1985. تم إجراء العديد من التعديلات على أداة FASTA بمرور الوقت ، ويتكون الإصدار الأخير من برامج البروتين: البروتين والحمض النووي: الحمض النووي ، البروتين: الحمض النووي المترجم (مع تغير الإطارات) وعمليات البحث عن الببتيد المرتبة أو غير المنظمة.يقرأ FASTA تسلسلًا معينًا من النوكليوتيدات أو الأحماض الأمينية ويبحث عن قاعدة بيانات التسلسل المقابلة باستخدام محاذاة التسلسل المحلي للعثور على تطابق تسلسلات قاعدة البيانات المماثلة.
ما هو FASTQ؟
FASTQ هو برنامج محاذاة يستخدم في مجال المعلوماتية الحيوية ، والذي يخزن كلاً من التسلسل البيولوجي (عادةً تسلسل النوكليوتيدات) ودرجات الجودة المقابلة له. تم تطوير FASTQ في الأصل لتجميع تسلسل منسق FASTA وبيانات الجودة ذات الصلة بواسطة Wellcome Trust Sanger Institute. مع التطور في مجال المعلوماتية الحيوية ، أصبح FASTQ المعيار الفعلي لتخزين مخرجات العديد من أدوات التسلسل عالية الإنتاجية.
يستخدم تنسيق FASTQ أربعة أسطر مختلفة لكل تسلسل. يبدأ السطر الأول بحرف @ ويتبعه معرف تسلسل (مشابه لسطر عنوان FASTA). يتكون السطر 2 من أحرف تسلسل خام. في السطر 3 ، يبدأ التسلسل بحرف "+" ويتبعه اختياريًا نفس معرف التسلسل.يشفر السطر 4 قيم الجودة للتسلسل في السطر 2 ويجب أن يتكون من نفس عدد الرموز مثل الأحرف في التسلسل.
ما هي أوجه التشابه بين FASTA و FASTQ؟
- FASTA و FASTQ هي أدوات محاذاة.
- هما تنسيقان لتمثيل التسلسل.
- كلاهما مرتبط بمجال المعلوماتية الحيوية.
- يعد كل من FAST و FASTQ أدوات مهمة لأغراض التخزين والتسلسل.
- FASTQ هو امتداد لتنسيق FASTA مع القدرة على تخزين جودة التسلسل.
ما هو الفرق بين FASTA و FASTQ؟
FASTA هو تنسيق قائم على النص يخزن تسلسلات النوكليوتيدات أو البروتين فقط ، بينما FASTQ هو تنسيق قائم على النص يخزن كلاً من التسلسل وقيم جودة التسلسل المرتبطة. وبالتالي ، هذا هو الفرق الرئيسي بين FASTA و FASTQ. علاوة على ذلك ، يخزن FASTA أجزاء التسلسل بعد تعيينها ، بينما يخزن FASTQ أجزاء التسلسل قبل التعيين.إلى جانب ذلك ، هناك اختلاف آخر بين FASTA و FASTQ وهو أن FASTA يتكون من سطر وصف واحد ، ويتكون FASTAQ من أربعة أسطر.
يعرض الرسم البياني أدناه الاختلافات بين FASTA و FASTQ في شكل جدول للمقارنة جنبًا إلى جنب.
ملخص - FASTA مقابل FASTQ
تستخدم المعلوماتية الحيوية تنسيقات مختلفة من التسلسلات مثل FASTA و FASTQ ، إلخ. يخزن FASTA أجزاء التسلسل بعد تعيينها بينما يقوم FASTQ بتخزين أجزاء التسلسل قبل التعيين. FASTA هو برنامج محاذاة لتسلسل الحمض النووي والبروتين. وهو يتألف من برامج البروتين: البروتين ، الحمض النووي: الحمض النووي ، البروتين: الحمض النووي المترجم (مع تغيير الإطارات) ، وعمليات البحث عن الببتيد المنظمة أو غير المنظمة. FASTQ هو برنامج محاذاة يستخدم في مجال المعلوماتية الحيوية ويخزن كلاً من التسلسل البيولوجي (عادةً تسلسل النيوكليوتيدات) ودرجات الجودة المقابلة لها. يتكون FASTA من سطر وصف واحد ، ويتكون FASTQ من أربعة أسطر. لذلك ، هذا يلخص الفرق بين FASTA و FASTQ.
