الفرق الرئيسي - PCR Primers vs Sequencing Primers
مع التطورات الأخيرة في مجال البيولوجيا الجزيئية ، تم تطوير تقنيات وراثية مختلفة جعلت عمليات التحقيق في الطرق المختلفة للموضوع سهلة ودقيقة. PCR وإجراءات التسلسل الأخرى هما طريقتان مهمتان من هذه التقنيات. يستخدمون مكونات فرعية مختلفة. تعتبر المواد الأولية المكون الفرعي الرئيسي المشترك لكل من تقنيات PCR والتسلسل. تُستخدم بادئات PCR لتضخيم تسلسل DNA معين بينما يتم استخدام بادئات التسلسل في سياق تسلسل جزء DNA بهدف الكشف عن ترتيبها المحدد لتسلسل النيوكليوتيدات.هذا هو الفرق الرئيسي بين بادئات PCR وتسلسل الاشعال.
ما هي PCR Primers؟
تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) هو تقنية وراثية تُستخدم في مجال البيولوجيا الجزيئية من أجل تضخيم نسخة واحدة أو بضع نسخ من جزء معين من الحمض النووي والحصول على ملايين عديدة من النسخ المتطابقة. في تفاعل PCR ، يتم استخدام مكونات مختلفة بما في ذلك الاشعال. الاشعال عبارة عن خيوط DNA قصيرة بطول نيوكليوتيد من 18-25 مما يجعلها متوافقة مع بداية ونهاية أجزاء الحمض النووي المراد تضخيمها. يمكن أن تكون البرايمر برايمر أمامي وأساس عكسي. ترتبط هذه البادئات بجزء الحمض النووي في نقاط محددة حيث تجعل بوليميراز الحمض النووي يرتبط بالبادئة المحددة في الموقع وتبدأ في تركيب خيط DNA الجديد.
يعد اختيار البادئات جانبًا مهمًا من عملية تفاعل البوليميراز المتسلسل. من المهم اختيار طول التمهيدي. الطول المثالي سيكون 18-25 نيوكليوتيدات.إذا كان الطول قصيرًا جدًا أو طويلًا جدًا ، فلن ترتبط البادئات بتسلسل الحمض النووي لتضخيمها بدقة. تؤدي المواد التمهيدية القصيرة جدًا إلى التلدين التمهيدي غير المحدد في مواقع مختلفة من تسلسل الحمض النووي.
الشكل 01: PCR Primers
محتوى الجوانين والسيتوزين (GC) في برايمر جيد يجب أن يكون في حدود 40-60. تعتبر درجة حرارة التلدين التمهيدي ودرجة حرارة الانصهار من العوامل الحيوية أثناء تفاعل البوليميراز المتسلسل. يجب حساب درجة حرارة الانصهار بدقة ، ويجب أن تكون درجة حرارة التلدين التمهيدي 50C أقل من درجة حرارة الانصهار. يجب أن تكون درجة حرارة الانصهار 60 درجة مئوية و 75 درجة مئوية. ستؤدي درجات الحرارة المرتفعة جدًا أو المنخفضة جدًا إلى نشاط أقل لبوليميراز الحمض النووي.
ما هي البرايمر التسلسلية؟
يتم استخدام بادئات التسلسل في سياق تسلسل جزء من الحمض النووي بهدف الكشف عن هويته المحددة. للحصول على نتائج تسلسل جيدة ، تعتبر المواد الأولية والقوالب عالية الجودة مهمة. وبالتالي ، عند اختيار البادئات ، يجب أن تكون فريدة من نوعها لمنطقة معينة حيث نرغب في التسلسل. يجب أن يكون أيضًا مع الاتجاه الصحيح حيث يتم إنشاء التسلسلات عادةً من 3 إلى 5 نهايات من البادئات. يجب أن يفتقر التسلسل إلى التهجين الذاتي غير المرغوب فيه مثل تكوين حلقات دبوس الشعر. يجب ألا يحتوي على تكوين متتالي لقواعد الجوانين.
يجب أن تكون درجة حرارة الانصهار (Tm) للبرايمر مناسبة لظروف التسلسل. لذلك ، يجب أن تقع بين 52oC و 74oC. يجب تنقية تحضير قليل النوكليوتيدات لاستخدامه كأساس للحصول على الطول الكامل المطلوب للتسلسل. إذا احتوت قليلات النوكليوتيدات على شوائب ، فسيتم تثبيت إشارات تسلسل التمهيدي من مواقع فتيلة مختلفة ، كما ستقلل من عدد الخلايا القاعدية.
الشكل 02: تسلسل الاشعال
درجة حرارة انصهار التمهيدي (Tm) لأوليغنوكليوتيد تحدد مدى قوة تهجين خيوط الدنا التكميلية مع بعضها البعض. يمكن اعتبار Tm بمثابة حساب ديناميكي حراري حيث يعتمد على كل من تسلسل الحمض النووي والعديد من الشروط مثل تركيز الملح. يعتبر Tm مهمًا أثناء PCR حيث يتم استخدام متغير يسمى تسلسل الدورة لإنتاج مجموعة من شظايا dideoxynucleotide المنتهية. هنا ، سيتم في البداية تلدين التمهيدي الذي تم تسلسله بدلاً من ذلك ، ثم يتم تمديده وتحريفه أخيرًا للتضخيم. لذلك ، يجب أن تكون قيمة Tm بين 52oC و 74oC. يمكن الحصول على أليغنوكليوتيدات المركبة من مختبرات تخليق DNA / RNA حسب خيار.عادة ما يكون النطاق الصغير للتوليف المستخدم في تسلسل الحمض النووي 50 نانومول. والأهم من ذلك ، يجب تنقية البادئات المستخدمة في التسلسل لتكون خالية من الشوائب التي تمنع انخفاض الجودة.
ما هي أوجه التشابه بين PCR Primers و Sequence Primers؟
- كلا من PCR Primers و Sequence Primers عبارة عن بادئات تُستخدم في عملية التضخيم لتسلسل DNA المستهدف.
- تتكون كل من بادئات PCR الأولية و الاشعال التسلسلية من النيوكليوتيدات.
- كلا من PCR Primers و Sequencing Primers عبارة عن أوليغومرات قصيرة.
ما هو الفرق بين PCR Primers و Sequence Primers؟
PCR Primers vs Sequencing Primers |
|
| بادئات PCR عبارة عن خيوط DNA قصيرة بطول تسلسل نيوكليوتيد من 18-25 مما يجعلها متوافقة مع منطقة البداية والنهاية لشظايا الحمض النووي التي سيتم تضخيمها. | بادئات التسلسل هي أوليغومرات قصيرة تستخدم في سياق تسلسل جزء من الحمض النووي بهدف الكشف عن هويته المحددة. |
| الوظيفة | |
| البادئات PCR تستخدم لتضخيم تسلسل DNA معين. | يتم استخدام بادئات التسلسل في سياق تسلسل جزء من الحمض النووي بهدف الكشف عن هويته المحددة. |
| عدد البادئات المطلوبة | |
| اثنان من البادئات ؛ يتم استخدام واحد أمامي التمهيدي وآخر عكسي التمهيدي PCR التمهيدي. | تحتاج فقط إلى أساس واحد كتمهيدي التسلسل. |
ملخص - PCR Primers vs Sequencing Primers
يتم استخدام بادئات التسلسل في سياق تسلسل جزء من الحمض النووي بهدف الكشف عن هويته المحددة.سيكون التمهيدي التسلسلي واحدًا كافيًا لتشغيل العملية. للحصول على نتائج تسلسل جيدة ، من المهم استخدام مواد أولية وقوالب عالية الجودة. وبالتالي ، عند اختيار البادئات ، يجب أن تكون فريدة من نوعها لمنطقة معينة حيث نرغب في التسلسل. PCR Primers عبارة عن خيوط قصيرة من الحمض النووي بطول نيوكليوتيد يتراوح بين 18 و 25 وهو متوافق مع منطقة البداية والنهاية لشظايا الحمض النووي التي سيتم تضخيمها. يمكن أن تكون البادئات PCR أساسًا تمهيديًا أماميًا وعكسيًا. يجب أن يتراوح محتوى Guanine و Cytosine (GC) في برايمر جيد بين 40-60. تعتبر درجة حرارة التلدين التمهيدي ودرجة حرارة الانصهار من الجوانب الحيوية خلال تفاعل البوليميراز المتسلسل. هذا هو الفرق بين بادئات PCR و بادئات التسلسل.
